13 июля 2009 года Архиепископ Херсонский и Таврический Иоанн, прибыл в город Джанкой в Епархиальное Управление Джанкойской епархии, временное управление которой было поручено ему решением Священного Синода УПЦ от 9 июля 2009 г. Этим же решением Священный Синод освободил Преосвященного Нектария, епископа Джанкойского и Раздольненского от управления Джанкойской епархией, назначив его епископом Дубновским, викарием Ровненской епархии. Владыку Иоанна у входа в Свято-Покровский кафедральный собор торжественно встречали сотрудники Епархиального Управления, духовенство епархии и прихожане.

В этот же день Владыка Иоанн принял дела у епископа Нектария и провел собрание духовенства в малой церкви Свято-Покровского собора. Архиепископ Иоанн ответил на все вопросы, поставленные ему клириками Джанкойской епархии. Джанкойская епархия была образована по решению Священного Синода УПЦ от 11 ноября 2008 года путем выделения ее из состава Симферопольской и Крымской. К ней отошли семь районов: Джанкойский, Красногвардейский, Красноперекопский, Нижнегорский, Первомайский, Раздольненский и Советский.